Seria katastrofalnych pożarów, epidemii, powodzi i przemarszów wojsk w połączeniu ze złym zarządzaniem doprowadziła do gospodarczego upadku miasta.
W latach 1378–1561 prowadzono w Żylinie tzw. żylińską księgę miejską, zawierającą pierwsze zapisy języka słowackiego z 1451. W 1610 r. w Żylinie odbył się tzw. synod żyliński – spotkanie pastorów ewangelickich z ziem słowackich, na którym uregulowano organizację kościoła reformowanego. Podczas rewolucji węgierskiej, na przełomie 1848 i 1849 roku, pod Budziatynem doszło do zwycięskiej dla Słowaków bitwy słowackich ochotników z wojskami węgierskimi, co dziś upamiętnia stojący tam pomnik jednego z jej bohaterów, Jozefa Miloslava Hurbana.
W połowie XIX wieku Żylina liczyła jedynie 2,3 tys. mieszkańców i była pod tym względem mniejsza np. od Bytczy czy Rajca. Impulsem dla rozwoju Żyliny stało się wybudowanie linii kolejowych: koszycko-bogumińskiej w 1872 (w Żylinie już od roku 1871), nadwaskiej (bratysławskiej) w 1883 i odnogi do Rajca w 1899 r. W latach dziewięćdziesiątych XIX wieku w mieście powstały pierwsze wielkie zakłady przemysłowe: w 1891 r. powstała fabryka sukna, w 1892 r. fabryka nawozów sztucznych, w 1893 r. młyn parowy, a w 1896 r. zakład produkcji prądnic i silników elektrycznych. W 1905 r. rozpoczęły pracę zakłady celulozowe i fabryka dziegciu, a w 1915 r.