Hipolita Wawelberga i Stanisława Rotwanda, równocześnie wykładał w łódzkiej Wyższej Szkole Gospodarstwa Wiejskiego. W 1950 został uhonorowany Złotym Krzyżem Zasługi, a 1 maja 1951 dyplomem uznania. Po włączeniu Szkoły Inżynierskiej im. Hipolita Wawelberga i Stanisława Rotwanda w struktury Politechniki Warszawskiej został kierownikiem Katedry Fizyki Ogólnej na Wydziale Łączności. W wyniku akcji protestacyjnej studentów, którzy uważali, że prof. Franciszek Zienkowski jest zbyt wymagający, został w kwietniu 1952 usunięty z uczelni. Pracował w instytucjach naukowych do 1956, gdy ze względów zdrowotnych przeszedł w stan spoczynku. Pod koniec 1956 zostaje zrehabilitowany i przywrócony na stanowisko kierownika Katedry, z początkiem 1957 Politechnika Warszawska wystąpiła o nadanie Franciszkowi Zienkowskiemu tytułu profesora nadzwyczajnegoKazimierz Chmielewski, Franciszek Zienkowski (1880-1957), Instytut Fizyki PAN.
Zmarł w 1957, został pochowany na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kw.