Po powrocie do Pragi Corda został zaproszony przez dyrektora i prezydenta muzeum, wpływowego Kaspara Marię von Sternberga na stanowisko kustosza Oddziału Zoologii w Czeskim Muzeum Narodowym. Zainteresowanie Kordy szybko przeniosło się na mykologię, która stała się głównym przedmiotem jego pracy.
W 1848 r. Corda był podejrzany o agitację polityczną podczas praskich zamieszek i ledwo uszedł z życiem. Zginął na morzu w 1849 r. podczas powrotu z wycieczki po Teksasie.
Praca naukowa W 1834 r. ukończył pracę De incremento stipitis plantarum z prawie 100 ilustracjami, oraz Anatomy of the Rhyzosperms. Podczas powrotu do Pragi Corda zatrzymał się w gorących źródłach w Karlowych Warach, gdzie badał zooplankton. Corda najbardziej znany jest jednak jako mykolog. W latach 1837–1842 opracował monumentalne sześciotomowe dzieło Icones fungorum hucusque cognitorum, opublikowane jednak dopiero w 1854 r. W 1839 r. opublikował Prachtflora europäischer Schimmelbildungen. Corda był jednym z pierwszych mykologów, którzy w swoich pracach podawali rozmiary zarodników grzybów.