Zanim przejął zarządzanie rodzinnym biznesem, doświadczenie w firmie zdobywał jako praktykant. Faktycznym następcą ojca w czekoladowym przedsiębiorstwie Jan stał się w 1912 roku, gdy jako prokurent został dopuszczony do sprawowania kierownictwa i podpisywania dokumentów. Otrzymane po raz pierwszy wynagrodzenie w wysokości 2000 rubli w całości przekazał na cele społeczne. W 1912 roku nastąpiła też zmiana nazwy firmy na „Emil Wedel & Syn”. Ojciec i syn zarządzali firmą wspólnie do 1919 roku, gdy Emil Wedel zmarł. Prowadząc firmę samodzielnie, Jan Wedel szybko zaczął wdrażać własne pomysły – rozpoczął produkcję biszkoptów, proponował klientom nowe opakowania: papierowe, tekturowe i blaszane.
Zarządzanie fabryką przy ul. Zamoyskiego W 1927 roku Jan Wedel dostał pozwolenie na wybudowanie fabryki przy ul. Zamoyskiego w Warszawie. Do zaprojektowania nowego zakładu zatrudnił m.in. architekta Józefa Napoleona Czerwińskiego, który już przed I wojną światową był autorem wielu warszawskich kamienic. Do wieloetapowej budowy przystąpiono w 1929 roku. Najpierw wybudowane zostało skrzydło północne z pomieszczeniami magazynów, garaży i budynku biurowego (wzdłuż ul. Zamoyskiego). Po kilku latach rozbudowano główny gmach o skrzydło południowe. Do 1939 roku wzniesiono dodatkowe hale produkcyjne i obiekty socjalne od strony ul.