II wojna światowa Podzielając nastroje społeczeństwa, że wojna wybuchnie, na apel rządu o dozbrojeniu armii, zarząd fabryki decyzją Jana Wedla zakupił trzy kompletnie wyposażone ciężkie karabiny maszynowe, które zostały przekazane pułkowi piechoty Legii Akademickiej w Warszawie. Przewidując wybuch wojny, Jan Wedel poczynił pewne zabezpieczenia fabryki w surowce pochodzenia zagranicznego – duże ilości ziarna kakaowego, cukru i innych surowców, które po klęsce wrześniowej trafiły wprawdzie pod kontrolę Niemców, ale pozwoliły pracować fabryce niemal przez całą okupację. Okupant wprowadzał jednak ciągle nowe ograniczenia i w pewnym momencie fabryka została objęta zakazem wypuszczania swoich wyrobów na rynek. Zostały zamknięte niektóre sklepy na terenie Polski. Podczas obrony Warszawy działał natomiast sklep przy ul. Szpitalnej, jednak w czasie okupacji słodycze mogli kupować w nim tylko Niemcy. Sam Wedel, mimo nacisków, nie podpisał reichslisty. Utracił za to willę w Konstancinie, którą wybudował dla partnerki (potem żony).