W 1871 r. pomogła zorganizować i uczestniczyła w Hassler Expedition (1871-1872); pierwszej znaczącej wyprawie badawczej wzdłuż wybrzeży Ameryki Południowej, sponsorowanej przez rząd Stanów Zjednoczonych. Wiele z zebranych eksponatów trafiło do Muzeum Zoologicznego w Harwardzie.
W 1873 r. małżeństwo Agassiz założyło szkołę koedukacyjną o charakterze laboratorium morskiego, Anderson School of Natural History, na wyspie Penikese w Massachusetts.
Louis Agassiz zmarł 14 grudnia 1873 r. Dwa lata później Elizabeth wydała jego biografię Louis Agassiz, his Life and Correspondence (Louis Agassiz, jego życie i korespondencja).
Elizabeth Cary Agassiz żywiła silne przekonanie, że kobiety powinny mieć możliwość studiowania tych samych przedmiotów i pod kierunkiem tych samych profesorów, co mężczyźni. W 1879 r. po długich zabiegach udało się jej i kilku innym wizjonerkom założyć filię Harwardu (Harvard Annex) dla kobiet pod nazwą Society for the Collegiate Instruction of Women (Stowarzyszenie dla Kształcenia Akademickiego Kobiet).