W czasie wojny serbsko-bułgarskiej 1885 objął dowództwo oddziału ochotników z Tyrnowa i Szumenu. W działaniach w rejonie Pirotu dowodził 2 dywizją piechoty, a następnie objął dowództwo 5 brygady piechoty i komendę nad garnizonem płowdiwskim. W 1886 wystąpił przeciwko organizatorom buntu oficerów prorosyjskich, skierowanego przeciwko Aleksandrowi Battenbergowi. Wtedy zaczął bliską współpracę ze Stefanem Stambołowem, a wierne mu oddziały przeprowadziły akcję aresztowania spiskowców.
W sierpniu 1886 został jednym z trzech regentów Bułgarii (wspólnie ze Stefanem Stambołowem i Petko Karawełowem). Po przejęciu władzy przez księcia Ferdynanda, Mutkurow otrzymał tekę ministra wojny w gabinecie Stefana Stambołowa, które sprawował przez cztery lata. W tym czasie dokonał przezbrojenia armii bułgarskiej, która otrzymała karabiny Mannlicher wz. 1886.
W lutym 1891 awansowany na stopień generalski. Z uwagi na pogarszający się stan zdrowia przeszedł w stan spoczynku i wyjechał na kurację do Neapolu, gdzie zmarł.