W 1986 roku przeszedł na emeryturę, przez kolejnych 10 lat był radnym Miejskiej Rady Narodowej w Wieliczce. W latach 80. zainteresował się malarstwem. W 1984 wpadł na pomysł organizacji sejmików kulturalnych, w programie których miały miejsce wystawy malarskie profesorów gimnazjalnych i kolegów Kozubskiego. Sam zaczął malować w roku 1995, a rok później w MDK-u w Wieliczce zaprezentowano jego pierwszą wystawę malarską. Wystawiono wówczas również obrazy Franciszka Kozubskiego, brata Henryka. Pomimo zaawansowanego wieku Henryk Kozubski tworzył prawie do końca życia. Specjalizował się w pejzażach, był autorem ponad 300 akwarel. Jego prace wystawiano na ponad 50 wystawach w Polsce, a także w Niemczech, Anglii i Irlandii. Od ponad 20 lat był członkiem wielickiego ArtKlubu.
W 2017 z okazji 106. urodzin zorganizowano wystawę „Życiem malowane”, podczas której zrealizowano film o artyście.
Życie prywatne W 1950 roku ożenił się z Haliną z domu Taborską (ur. 1928), z którą miał dwójkę dzieci, Hannę i Wojciecha.