W 1822 Elizabeth przeniosła się do Bostonu, gdzie próbowała otworzyć własną szkołę, a następnie zatrudniła się jako guwernantka w Hallowell w stanie Maine, ostatecznie jednak wróciła do Bostonu, gdzie razem z siostrą Mary założyła szkołę dla dziewcząt w dzielnicy Brookline. Miały tyle uczennic, że otworzyły drugą szkołę w dzielnicy Beacon Hill i sprowadziły do Bostonu resztę rodziny.
W 1834 razem z Amosem Bronsonem Alcottem (ojcem Louisy May Alcott, wtedy dopiero dwuletniej) założyła eksperymentalną szkołę dla chłopców Temple School. Metoda nauczania Alcotta − podobna do metody sokratycznej − spotkała się jednak z dezaprobatą społeczną; jego dyskusje z uczniami na temat Ewangelii uznano za bluźniercze, a rozmowy na temat narodzin i obrzezania oceniono jako nieprzyzwoite. Elizabeth, która uczyła w Temple School łaciny, matematyki i geografii, a także zapisywała dialogi Alcotta z uczniami, które opublikowała w 1835 (A Record of Mr. Alcott's School), zerwała współpracę z Alcottem dwa lata przed ostatecznym szkoły, które nastąpiło w 1841.