Po zakończeniu stażu podyplomowego w 1994 roku podjął pracę w Klinice Chirurgii Szczękowo-Twarzowej Instytutu Stomatologii Akademii Medycznej w Łodzi. Stopień doktora nauk medycznych otrzymał w roku 1996, a w 1998 roku uzyskał specjalizację I-go stopnia z chirurgii stomatologicznej, oraz w roku 2004 specjalizację z chirurgii szczękowo-twarzowej. W 2005 roku uzyskał stopień doktora habilitowanego nauk medycznych na podstawie rozprawy pt. „Ocena wyników leczenia ubytków kości z zastosowaniem materiałów kościozastępczych w chirurgii stomatologicznej. Rozprawa ta została uznana za najlepszą pracę habilitacyjną w dziedzinach zabiegowy Uniwersytecie Medycznym w Łodzi w 2005 roku, co było podstawa do przyznania Marcinowi Kozakiewiczowi nagrody im. prof. M. Stefanowskiego.
W 2009 roku objął kierownictwo Oddziału Klinicznego Chirurgii Szczękowo-Twarzowej Uniwersytetu Medycznego w Łodzi, a następnie został zatrudniony na stanowisku profesora nadzwyczajnego Uniwersytetu Medycznego w Łodzi.