Później Pierre był członkiem Rady Pięciuset, której w 1797 roku przez krótki czas przewodniczył. Po zakończeniu okresu sprawowania przez niego urzędu został sędzią pokoju, jednakże po zamachu stanu przeprowadzonym przez Barthélemy’ego Jouberta 30 Prairiala roku VII (18 czerwca 1799) został mianowany członkiem Dyrektoriatu, dzięki protekcji Paula Barrasa, który liczył, że Roger Ducos zostanie jego poplecznikiem.
Konsulat, Cesarstwo i wygnanie 9 listopada 1799 roku Ducos zaakceptował zamach stanu Napoleona Bonapartego (przewrót 18 Brumaire'a), dzięki czemu został jednym z trzech konsulów, obok Napoleona i Emmanuel-Joseph Sieyèsa, którą to funkcję pełnił do 27 grudnia tego samego roku. Zajmował również stanowisko wiceprzewodniczącego Senatu od momentu ustabilizowania się formuły Konsulatu. Był wielokrotnie honorowany podczas istnienia Cesarstwa, jednakże w 1814 roku opuścił Napoleona i głosował za jego detronizacją.
Liczył na zyskanie przychylności nowych, rojalistycznych władz, jednak nie udało mu się to, a w 1816 roku został wygnany na podstawie prawa o królobójstwie i wyjechał do Niemiec.