thumb|Kościół na drzeworycie Michała Starkmana (ok. 1855) thumb|Świątynia wśród ruin Nowego Miasta (1945) thumb|Powojenna odbudowa prezbiterium thumb|Wnętrze kościoła
Kościół św. Franciszka w Warszawie – zabytkowy kościół pod wezwaniem Stygmatów św. Franciszka z Asyżu (lub inaczej Serafickiego), wchodzący wraz z przylegającym do niego klasztorem w skład zespołu franciszkańskiego na Nowym Mieście w Warszawie.
Historia W porównaniu z innymi miastami Polski franciszkanie w Warszawie pojawili się dosyć późno, dopiero w 1646 roku. Stało się to dzięki nadwornemu kapelanowi i kapelmistrzowi Władysława IV – franciszkaninowi włoskiemu Wincentemu Skapicie. Chcąc zrobić niespodziankę zakonnikowi, sekretarz królewski Jakub Sosnowski podarował plac, zaś stolnik warszawski Zygmunt Wybranowski pewien kapitał i obaj postanowili założyć kościół i klasztor franciszkanów polskich w Warszawie. Król zgodził się na tę fundację (6 listopada 1645), natomiast biskup poznański Jędrzej (Andrzej) Szołdrski wydał kanoniczne pozwolenie (16 kwietnia 1646).