Kiedy wydzielane białka są odsłonięte na zewnątrz, autotransportery są odcinane (rozszczepiane), uwalniając białko z domeny β-beczki. Przykładem autotransportera jest Trimeric Autotransporter Adhesins.
Typ VI Systemy sekrecyjne typu VI (T6SS) zostały wyizolowane z Vibrio cholerae i Pseudomonas aeruginosa przez zespół Johna Mekalanosa w Harvard Medical School w 2006 roku. Zostały odkryte, gdy mutacje w genach Vibrio Cholerae Hcp i VrgG zmniejszyły wirulencję i patogenność bakterii. Oprócz swojej głównej funkcji czynnika chorobotwórczego, T6SS są również zaangażowane w obronę przed prostymi eukariotycznymi drapieżnikami oraz w interakcje międzybakteryjne. Gen T6SS tworzy klaster genów składający się z ponad 15 genów. Geny Hcp i VgrG są najbardziej uniwersalne. Strukturalne podobieństwo T6SS do peplomeru ogona faga T4 sugeruje, że proces infekcji jest podobny do wnikania faga do komórki.
Typ VII System sekrecyjny typu VII (T7SS) jest obecny w bakteriach Gram-dodatnich i mykobakteriach, takich jak M. tuberculosis, M. bovis, Streptomyces coelicolor i S. aureus. u Bacillus subtilis i S. aureus jest również nazywany systemem T7b.