Każdy z dostępnych samolotów dysponuje swoim zestawem specjalnego uzbrojenia, które z wyjątkiem pierwszego, otrzymywanego wraz z zakupem samolotu należy kupić, wykorzystując zdobywane za ukończenie misji punkty. Raz nabyty ekwipunek można potem wykorzystywać w dowolnej ilości misji, tak samo jak kupione samoloty. Broń oraz samoloty, które posiada gracz mogą także zostać odsprzedane pomiędzy misjami, z wyjątkiem początkowego samolotu.
Na koniec każdej misji, po wypełnieniu celu graczowi przyznawane są punkty w zależności od jego efektywności podczas walki. Pod uwagę brane są czas wykonania misji oraz liczba zestrzelonych celów, w tym także dodatkowych. Ogólnym podsumowaniem efektywności gracza jest otrzymywana przez niego ocena, gdzie E jest dolną, a S górną granicą skali.
Zdobycie wszystkich dostępnych samolotów i dodatkowego uzbrojenia wymaga wielokrotnego przejścia gry, bądź powtarzania misji.
Odbiór Ace Combat 04 zostało odebrane pozytywnie przez krytyków, osiągając średnią 89 na portalu Metacritic.