Później przeniósł się do Salonik, gdzie spotkał Jordana Szurkowa, którego znał z Płowdiwu. Szurkow był nauczycielem w bułgarskiej męskiej szkole średniej w Salonikach, gdzie przedstawił Merdżanowa, który następnie również zaczął tam pracować jako nauczyciel. Poprzez Szurkowa poznał anarchistyczną grupę Gemidzii. Merdżanow zainspirował niektórych absolwentów swoimi pomysłami. Na spotkaniach grupy odbyły się rozmowy mające na celu uformowanie rewolucyjnego koła, którego zadaniem była zmiana międzynarodowej opinii publicznej w sprawie wolności Macedonii i Tracji z Adrianopolem.

W 1899, Merdżanow wraz z Mandjukowem i Petarem Sokołowem, dołączył do grupy partyzanckiej Goce Dełczewa i został członkiem BMARO. Organizacja działała w górzystych obszarach Pirynu. W 1900 przybył do Istambułu, gdzie utworzył grupę anarcho-terrorystyczną i wraz z Pawłem Szarewem, Mandjukowem oraz Sokołowem brali udział w przygotowaniach do wysadzenia centrali banku osmańskiego, do której wykopali tunel. Grupa ta przygotowała również atak na sułtana Abdula Hamida II. Plan został omówiony z przedstawicielami Armeńskiej Federacji Rewolucyjnej. We wrześniu 1900 policja osmańska zatrzymała członka grupy, a następnie cała grupa została aresztowana. W 1901 więźniowie zostali deportowani do Bułgarii pod naciskiem rządu bułgarskiego.