Od 2 maja do 2 lipca 2020, podczas wyjazdu premiera Amadou Gon Coulibaly do Francji na leczenie, pełnił funkcję tymczasowego szefa rządu. Premier Coulibaly powrócił do kraju 2 lipca 2020 i ponownie objął obowiązki szefa rządu, jednak po kilku dniach, podczas posiedzenia rządu, poczuł się źle i został ewakuowany do szpitala, gdzie następnie zmarł. Bakayoko ponownie objął obowiązki tymczasowego szefa rząduCôte d’Ivoire: Hamed Bakayoko likely to replace PM Coulibaly. 30 lipca 2020 został zaprzysiężony na stanowisko premieraIvory Coast names Hamed Bakayoko prime minister: presidency.
Życie prywatne Przez ponad 20 lat był żonaty z Yolande Bakayoko. 6 kwietnia 2020 stwierdzono u niego pozytywny wynik testu na obecność wirusa SARS-CoV-2 wywołującego chorobę COVID-19, 11 dni później ogłosił publicznie, że całkowicie wyzdrowiał.
Od 2015 roku był wielkim mistrzem (fr. Grand maîtres) masońskiej organizacji La Grande Loge de Côte d’Ivoire.
Zmarł na raka dwa dni po swoich 56. urodzinach w szpitalu w niemieckim Fryburgu.