Sokolnicki nie wystraszył się tych działań, przed biskupem Janem Konarskim ostro ocenił swoich adwersarzy, zarzucając im uśmiercenie większej liczby pacjentów w porównaniu do niego. Jakkolwiek na mocy wyroku rektora musiał za to przeprosić obu profesorów, to jego kariera rozwijała się pomyślnie, tym bardziej, że oskarżyciele nie zarzucali mu braku przygotowania do wykonywania zawodu lekarza. W połowie stycznia 1526 roku został bakałarzem medycyny i rozpoczął dwuletnie wykłady na uniwersytecie.
Sokolnicki wiele zawdzięczał Łukaszowi Noskowskiemu, doktorowi medycyny, który był jego mistrzem, a także protektorem. Wybór Noskowskiego na rektora na półrocze zimowe 1526/1527 przyśpieszył dalszą karierę Mikołaja – 18 grudnia 1526 zdał ostatni egzamin, 23 grudnia promowano go na licencjata, a na doktora medycyny 28 lutego 1527 roku, w wyjątkowo uroczystej oprawiePromocja odbyła się w auli Collegium Maius i po raz pierwszy od powstania uczelni promowano równocześnie trzech doktorów medycyny (Sokolnicki, Adam z Brzezin, Szymon z Szamotuł). Ceremonię rozpoczął rektor Noskowski mową przedstawiającą nowych doktorów, w imieniu których odpowiedzi udzielił Sokolnicki, .. Niedługo potem opuścił Kraków, udając się na Litwę, w orszaku biskupa kamienieckiego Wawrzyńca Międzyleskiego.