Pod koniec sierpnia 1939 roku przeprowadzono ewakuację szpitala, a wille poszpitalne przekazano pod zarząd Szpitala Miejskiego przy ul. Szkolnej. W czasie II wojny światowej kompleks zabudowań szpitala przeznaczono na hotel dla kolejarzy. Około 10 lutego 1945 roku rozpoczęto prace prowadzące do ponownego otwarcia szpitala. Już 12 lutego tegoż roku zostały przerwane z powodu zajęcia terenu szpitala przez żołnierzy Armii Czerwonej i utworzeniu w budynkach szpitala polowego, który funkcjonował do stycznia 1946 roku, kiedy to władze kolejowe przystąpiły do działań mających na celu ponowne uruchomienie obiektu. Od początku kwietnia 1946 roku rozpoczął działanie m.in. oddział wewnętrzny, a od 1 lipca 1948 roku chirurgia. Od 1950 roku szpital mógł leczyć równocześnie 130 chorych.
1 listopada 1998 nastąpiło wydzielenie placówki ze struktur kolejowych. Od tego czasu szpital podlegał pod Urząd Marszałkowski Województwa Wielkopolskiego. W 1999 roku zmieniono nazwę na Szpital Grunwaldzki w Poznaniu – Samodzielny Publiczny Zakład Opieki Zdrowotnej. W 2006 roku szpital zaczął podlegać pod Szpital Wojewódzki w Poznaniu.