Zidentyfikowano około 7 tysięcy genów kodujących białka, z których 95% jest znanych z baz danych zawierających dane pozyskane z innych gatunków.
Podstawowe barwniki fotosyntetyczne to chlorofile: a i b oraz dwa ksantofile: prazynoksantyna i uriolid. Oprócz nich występują też: neoksantyna, wiolaksantyna, luteina, zeaksantyna, β-karoten oraz Mg-2,4-D. U tego gatunku znaleziono wiele białek tworzących kompleksy zbierające światło – łącznie z pokrewnymi im białkami – 41. Obecność niektórych enzymów, w tym anhydraz węglanowych δ i γ, wskazuje, że Prasinoderma coloniale przeprowadza fotosyntezę podobną do typu C4, co pozwala wydajniej wykorzystywać małą ilość dwutlenku węgla w wodzie.
Jak na organizm roślinny Prasinoderma coloniale ma wyjątkowo mało enzymów związanych z metabolizmem węglowodanów, co tłumaczone jest prostą budową chemiczną ściany komórkowej. Nie znaleziono genów odpowiedzialnych za syntezę celulozy, mannanu czy ksylanu. Wytwarza i metabolizuje skrobię. Znaleziono kilka genów ze szlaku metabolizmu chitozanu, jak również geny odpowiedzialne za syntezę polisacharydów homologiczne z genami występującymi u bakterii, w tym potrzebne do syntezy peptydoglikanu.