Na początku sezonu inauguracyjnego ligi (10 maja 2011 r.), liga ogłosiła, że usuwa trzy kluby z Portoryko z harmonogramu USL Pro. Kluby z Puerto Rico zostały wycofane z powodów ekonomicznych i własnościowych. Dwie pozostałe drużyny International Division - Antigua Barracuda FC i Los Angeles Blues - zostały ponownie wyrównane do dywizji amerykańskiej i krajowej. W związku z usunięciem dywizji międzynarodowej, zmieniony format play-off obejmował cztery najlepsze drużyny w każdej z dwóch lig. Zwycięzcy rozgrywek play-offów w dwóch ligach spotkali się w USL Pro Championship na własnym stadionie drużyny z lepszym bilansem.
Po sezonie 2011 USL Pro ogłosił wraz z wydaniem harmonogramu sezonu 2012, że F.C. Nowy Jork nie wróciłby do gry, a dawne dywizje narodowe i amerykańskie zostały rozwiązane, tworząc jedną jedynasto-drużynową ligę.
Początki współpracy z MLS (2013–2014) W sezonie 2013 dołączyły dwie ekipy: Phoenix FC i VSI Tampa Bay FC.