Produkcja Scenarzystą 25 lat niewinności był dziennikarz Andrzej Gołda. Gdy Tomasz Komenda w 2018 roku wyszedł na wolność po uniewinnieniu, Gołda próbował się z nim skontaktować. Początkowo, jak podkreślał scenarzysta, Komenda „był nieufny i nie chciał tej historii widzieć na ekranie”. Zbierając wspomnienia Komendy z pobytu w więzieniu, scenarzysta uzupełnił je własną wiedzą o realiach więziennych, wskutek czego „szereg zdarzeń jest wykreowany, ale zgodny z tym, co się wydarzyło”. Gołda podkreślał, że „chodzi tutaj bardziej o prawdę emocjonalną i psychologiczną bohatera, niż detaliczne pokazywanie szczegółów”.
Reżyser filmu, Jan Holoubek, pracował przedtem nad serialem telewizyjnym Rojst i nie miał doświadczenia w realizacji filmów pełnometrażowych. Holoubek opisywał cel swojego debiutu fabularnego następująco: