Michał Piepiórka z portalu Bliżej Ekranu pisał, iż ewentualną wadą filmu jest brak silniejszego zaakcentowania tła społecznego, które uczyniło Komendę kozłem ofiarnym: „Dla niektórych ludzi przez niemal 20 ostatnich lat nic się nie zmieniło – nie skorzystali oni na rozwoju gospodarczym, nie zauważyli wstąpienia do Unii, w żaden sposób się nie dorobili. Takich osób nie stać na dobrego adwokata, który odpowiednio zweryfikuje dowody i nie pozwoli zaszczuć swojego klienta pod dyktando policji”. W tym sensie „otrzymujemy raczej mocną i emocjonalną historię osobistego dramatu, a nie film bezpardonowo oskarżający system sprawiedliwości”. Bardziej krytyczny wobec filmu Marcin Prymas z magazynu Pełna Sala przyrównał 25 lat niewinności do filmów biograficznych taśmowo tworzonych przez TVN pod szyldem Prawdziwe historie: „To inscenizacja, zbiór z różnych powodów istotnych, lecz niespecjalnie ze sobą powiązanych narracyjnie scen, tudzież po prostu wierna adaptacja faktów”.