6 listopada 1939 został aresztowany podczas Sonderaktion Krakau, więziony był w Krakowie, Wrocławiu, a następnie w niemieckich obozach koncentracyjnych Sachsenhausen i Dachau. Po zwolnieniu z obozu (11 stycznia 1941) powrócił do Krakowa i od połowy 1941 podjął pracę w farbiarni futer „Krawar” jako chemik-farbiarz. Od grudnia 1943 pracował jako nauczyciel materiałoznawstwa w Dokształcającej Szkole Zawodowej Nr 2. Równocześnie w pierwszej połowie 1944 brał udział w tajnym nauczaniu, prowadząc wykłady z chemii organicznej dla studentów Wydziału Lekarskiego UJ. Od czerwca 1944 do stycznia 1945 ukrywał się przed gestapo we wsi Siepraw k. Myślenic.
Po powrocie do Krakowa, w lutym 1945 został mianowany kierownikiem Zakładu Chemii Organicznej UJ. Otrzymał tytuł profesora nadzwyczajnego (1947) i zwyczajnego (1956). Prorektor Uniwersytetu Jagiellońskiego w latach 1952–1956. Był też prodziekanem Wydziału Matematyki, Fizyk i Chemii, kierownikiem pracowni w Zakładzie Syntez Organicznych Polskiej Akademii Nauk w Krakowie, kierownikiem Katedry Chemii w Wyższej Szkole Ekonomicznej w Krakowie (1952–1954). Członek PPS i PZPR (1948–1957).