Po 1957 świątynia wróciła do rąk franciszkanów. Przy kościele franciszkanów bp Stanisław Napierała ustanowił 7 listopada 2008 roku nową parafię. 26 grudnia 2018 roku biskup kaliski Edward Janiak nadał kościołowi pw. Matki Bożej przy Żłóbku tytuł sanktuarium diecezjalnego.
Architektura mały|lewo|Wnętrze świątyni Od strony wschodniej znajduje się gotyckie, nietynkowane, jednonawowe prezbiterium ze sklepieniem kolebkowym i lunetami. Obszerna nawa świątyni posiada sklepienie żaglaste dzielone gurtami. Budowla wzniesiona została z cegły. Fasada świątyni jest barokowa, trójdzielna. Fasadę zdobi rzeźba św. Franciszka z Asyżu, założyciela zakonu.
Sztuka W ołtarzu głównym znajduje się czczony obraz Matki Bożej z Dzieciątkiem z XVIII wieku. Ołtarz główny i ołtarze boczne barokowe i rokokowe pochodzą z XVIII wieku. W ołtarzach bocznych obrazyː Stygmatyzacja św. Franciszka, Św. Anna, Przywilej odpustu Porcjunkuli. W kruchcie znajduje się fragment późnorenesansowego nagrobka Jana Konarskiego wykonany z czerwonego marmuru.