Projekt StrictYAML wymienia następujące punkty jako problematyczne w TOML:
TOML jest rozwlekły, nie jest DRY i cierpi na szum syntaktyczny Hierarchie TOML są trudne do wywnioskowania na podstawie samej składni Nadmierna komplikacja: podobnie jak YAML, TOML ma zbyt wiele funkcji W TOML składnia określa typy danych („typowanie składnią”)
Projekt libconfini opublikował od tego czasu bardziej obszerną krytykę TOML z prowadzoną perspektywy INI, wymieniając (między innymi) następujące punkty jako problematyczne:
TOML pozwala plikowi konfiguracyjnemu decydować o typach danych (składnia definiuje typy), gdy de facto decyduje o tym aplikacja kliencka, a każdy niezgodny typ zostanie i tak zignorowany lub konwertowany na oczekiwany typ (w zależności od parsera) TOML ponownie wprowadza to, czego języki przyjazne dla człowieka zwykle próbują się pozbyć: rozwlekłą składnię i konieczność używania cudzysłowów dla łańcuchów W składni TOML zawsze rozróżniana jest wielkość liter, pomimo faktu, że istnieją sytuacje, w których pliki konfiguracyjne muszą nie uwzględniać wielkości liter (jak na przykład pliki konfiguracyjne mapujące system plików FAT32 lub znaczniki HTML) TOML używa nawiasów kwadratowych dla tablic, chociaż nawiasy kwadratowe są już zarezerwowane dla nazw tabel;