Alfred zabrał pozbawionego mocy Clarka Kenta do jaskini, aby wyjaśnić, co stało się z Bruce’em, a Dick Grayson i inni Robinowie wykorzystywali ją jako bazę operacyjną, przeciwstawiając się planom bezwzględnej „Matki” z Batmana i Robina Eternal. Kiedy nowy złoczyńca, Mr Bloom, przeprowadza masowy atak na Gotham, Alfred jest zmuszony pozwolić Bruce’owi wejść do Batjaskini, celem uzyskania dostępu do pozornie nieznaczącego programu zaprojektowanego do przesłania wspomnień Bruce’a do serii klonów Batmana, aby zachować jego dziedzictwo. Bruce’owi udaje się przezwyciężyć ograniczenia pierwotnego projektu polegające na niemożności przesłania wspomnień do nowego ciała, ponieważ Alfred doprowadził go do punktu śmierci mózgu, a następnie załadował dane do jego pustego mózgu.
Projekt Batjaskinia pełni funkcję tajnej kwatery głównej Batmana i jego centrum dowodzenia, w którym monitoruje on wszystkie punkty kryzysowe w Gotham City, a także w pozostałej części świata.
Główny element jaskini stanowi superkomputer, którego specyfikacje są porównywalne z tymi używanymi przez wiodące agencje bezpieczeństwa narodowego;