W latach 1940–1954 pisał krytyki muzyczne do New York Herald Tribune.
Odznaczony Legią Honorową (1947), Kennedy Center Honors (1983) i National Medal of Arts (1988). Od 1959 roku członek Amerykańskiej Akademii Sztuki i Literatury. W 1949 roku otrzymał Nagrodę Pulitzera za muzykę do filmu Louisiana Story. Do jego uczniów należeli Lou Harrison, Ned Rorem, Paul Bowles i Richard Yardumian.
Twórczość W swojej twórczości łączył elementy muzyki amerykańskiej i europejskiej, głównie francuskiej. Poligeniczny styl Thomsona czerpał zarówno z chorału gregoriańskiego, polifonii modalnej, jak i hymnów baptystycznych oraz popularnych melodii XIX-wiecznych. Czerpał z dorobku minionych epok, nie wykazując zainteresowania współczesnymi trendami w muzyce. Swobodnie łączył odwołania do tradycyjnych form związanych z kulturą wysoką z elementami tanecznymi, wprowadzając do swoich utworów zamierzone efekty komizmu. W operze Four Saints do tekstu Gertrude Stein połączył melodie protestanckich hymnów religijnych, formuły liturgiczne, cytaty z pieśni świeckich oraz melodie w rytmie walca i tanga, w The Mother of us all z kolei melodie hymniczne oraz rytmy walca i marsza. Szczególne miejsce w dorobku Thomsona zajmuje cykl stu kilkudziesięciu „portretów muzycznych” ważnych dla niego osób, kilkanaście z nich zorkiestrował.