W 1968 roku Irena Szybiak rozpoczęła pracę na Wydziale Pedagogicznym Uniwersytetu Warszawskiego, w Katedrze Historii Oświaty i Wychowania, którą kierował prof. Kurdybacha. Pod jego opieką naukową przygotowała rozprawę doktorską Szkolnictwo Komisji Edukacji Narodowej w Wielkim Księstwie Litewskim, którą obroniła 17 grudnia 1971 roku, a 11 stycznia 1972 Rada Wydziału Psychologii i Pedagogiki UW nadała jej tytuł doktora nauk humanistycznych. W swych dalszych badaniach kontynuowała problematykę Komisji Edukacji Narodowej. Z okazji jubileuszu dwustulecia Komisji w 1973 roku uczestniczyła w pracach komitetu obchodów tej rocznicy i pod kierunkiem profesorów Stanisława Lorentza i Bogusława Leśnodorskiego opracowywała wystawę w Muzeum Narodowym w Warszawie o Komisji i epoce Oświecenia.
W następnych latach Irena Szybiak pogłębiała wiedzę o Komisji Edukacji Narodowej i przygotowała rozprawę habilitacyjną Nauczyciele szkół średnich Komisji Edukacji Narodowej (Zakład Narodowy im. Ossolińskich, 1980). Recenzentami pracy byli uznani historycy wychowania: prof. dr hab. Kamilla Mrozowska, prof. dr hab. Jerzy Maternicki i prof. dr hab. Józef Miąso. Stopień doktora habilitowanego nauk humanistycznych Rada Naukowa Instytutu Pedagogiki Wydziału Psychologii i Pedagogiki UW nadała Jej 26 czerwca 1979.