Służba Banderę wojenną na ORP „Śniardwy” podniesiono 28 stycznia 1994 roku. Jednostka weszła do składu 13 Dywizjonu Trałowców 8 Flotylli Obrony Wybrzeża w Świnoujściu, początkowo należącego do 9 Flotylli Obrony Wybrzeża.
W listopadzie 1999 roku okręt brał udział w międzynarodowych manewrach BALTIC PORPOISE 99, wraz z trałowcem ORP „Gopło”, korwetą ORP „Kaszub” oraz okrętem podwodnym ORP „Wilk” na obszarze Morza Bałtyckiego, zaś w grudniu tego samego roku, jednostka wzięła udział ćwiczeniu POLISH PASSEX 99, wraz z niszczycielem min ORP „Mewa”, trałowcem ORP „Gopło” oraz stałym zespołem NATO MCM FORNORTH.
W dniach 8-22 maja 2000 roku okręt brał udział w międzynarodowych manewrach BLUE GAME 00, wraz z niszczycielem min ORP „Mewa” i trałowcem ORP „Gopło” w rejonie Cieślin Duńskich i Morza Norweskiego, zaś w czerwcu tego samego roku jednostka reprezentowała Marynarkę Wojenną na międzynarodowych ćwiczeniach BALTOPS 00, wraz z ORP „Mewa” i trałowcem ORP „Wigry”.