Mimo tego, frakcja Christopha była mała, a jego osobista pozycja była słaba.
W efekcie Christoph nie był w stanie rywalizować z Hoferem, który ponownie objął 24 maja 1938 r. funkcję gauleitera okręgu Tyrol-Vorarlberg. Wkrótce potem został też radcą ministerialnym w randze Obergruppenführera. W 1940 r. został gubernatorem Reichsgau Tyrol-Vorarlberg. Po kapitulacji Włoch został komisarzem Strefy Operacyjnej Podnóża Alp, która oprócz jego okręgu obejmowała także okupowane włoskie prowincje Trydent, Bolzano i Belluno. W miarę zbliżania się wojsk alianckich do Niemiec Hofer zaproponował w listopadzie 1944 r. Hitlerowi w memorandum wykorzystanie warunków obronnych rejonu Innsbrucku w ramach tzw. Reduty Alpejskiej, ale z powodu kurczących się zasobów plan ten zrealizowano w niewielkim stopniu. Hofer został wezwany przez Hitlera na spotkanie w tej sprawie dopiero 12 kwietnia 1945 r., po czym został mianowany komisarzem obrony Rzeszy ds. Alpenfestung. Skapitulował wobec wojsk amerykańskich 3 maja 1945 r., a trzy dni później został aresztowany przez Amerykanów w Hall in Tirol i osadzony w obozie jenieckim.