Po wojnie, w latach 1946–1949 Marinesko pływał jako starszy oficer na statkach handlowych na Bałtyku. Za kradzież trafił na dwa lata do obozu na Kołymie. Następnie pracował poza żeglugą, a od 1953 był kierownikiem oddziału zaopatrzenia w leningradzkim zakładzie Mezon. Zmarł w Leningradzie po długiej chorobie 25 listopada 1963 rokuC. Prince (2013), s. 188..
Przez wiele lat po wojnie władze radzieckie nie mówiły o zatopieniu „Gustloffa” ani o Marinesko; szersze informacje o tym pojawiły się w ZSRR w latach sześćdziesiątych XX wieku, już po jego śmierci. Dopiero w kolejnych latach propaganda radziecka wykreowała zatopienie „Gustloffa” jako „atak wieku”, a Marinesko zaczął być określany jako „podwodniak nr 1”. Powstały jednocześnie w piśmiennictwie różne mity na ten temat (jak rzekome ogłoszenie żałoby w Niemczech, uznanie Marinesko za osobistego wroga przez Hitlera lub uratowanie żeglugi alianckiej na skutek faktycznego zatonięcia z „Gustloffem” kilkuset marynarzy niemieckich okrętów podwodnych)Witalij D. Docenko: Mify i liegendy Rossijskogo fłota, Poligon, Sankt Petersburg 2002, s. 252–261. Dopiero jednak 27 lat po śmierci, 5 maja 1990 otrzymał Marinesko pośmiertnie tytuł Bohatera Związku Radzieckiego.