W trakcie gry mamy do czynienia z kilkoma nagłymi zwrotami akcji – zatopienie PRCS "Wall Cloud", statku z ładunkiem Szarej śmierci, wizyta u Tracera Tonga, który wyłącza "kill-switch" Paula i JC'a, odkrycie bunkra w posiadłości Du Clare'ów, który umożliwi kontakt z Morganem Everettem czy wydobycie schematu UK i przyczynienie się do rozpoczęcia produkcji leku na Szarą Śmierć. Na dodatek Deus Ex ma trzy różne zakończenia, co jest niespotykane w grach z tamtego okresu. Zakończenie gry zależy od gracza – można przejąć władzę nad światem i rządzić jako dyktator wraz ze sztuczną inteligencją Heliosem, zabić Boba Page'a i przyłączyć się do Iluminatów bądź zniszczyć Centrum Akwinu, przez które przechodzi każda elektroniczna wiadomość i pogrążyć świat w nowych "mrocznych wiekach".
Rozgrywka Deus Ex zawiera elementy z czterech gatunków gier wideo: komputerowa gra fabularna, first-person shooter, komputerowa gra przygodowa oraz „immersyjna symulacja”.