W 1616 roku klasztor przejęły w posiadanie zakonnice, wypędzone z Krety przez Turków. W 1725 roku do klasztoru San Servolo przybyli bonifratrzy zakładając w nim schronisko dla osób chorych umysłowo, ale tylko dla tych ze stanu szlacheckiego. W latach 1733–66 według projektu Giovanniego Scalfarotto wzniesiono obecny kompleks kościelno-klasztorny. Kościół jest efektem przebudowy, zrealizowanej w 1749 roku przez Tommasa Temanzę. Począwszy od 1797 roku, wraz z upadkiem Republiki Weneckiej, schronisko było otwarte dla wszystkich. Na początku XIX wieku kościół wzbogacono o portyk, nad którym znajduje się fasada z dużym oknem zwieńczonym tympanonem, flankowanym dwiema dzwonnicami, będącymi nowością w architekturze Wenecji Po 1873 roku w San Servolo przebywali tylko chorzy psychicznie mężczyźni, podczas gdy chore kobiety przeniesiono na pobliską wyspę San Clemente. W 1936 roku dokonano znaczącej przebudowy kościoła. Schronisko w San Servolo działało do 13 sierpnia 1978 roku, kiedy to zgodnie z nowymi przepisami wszystkie szpitale psychiatryczne zostały zamknięte. W latach 90. XX wieku gmina Wenecja, właściciel wyspy, rozpoczęła renowację budynków, tworząc wielokulturowe centrum promocji. W 2004 roku powstały: sekcja multimediów Akademii Sztuk Pięknych, międzynarodowa szkoła Ca 'Foscari oraz Venice International University.