Jednakże Fidanza nigdy jej nie objął, bowiem 2 lutego kapituła franciszkanów, wybrała go generałem zakonu. W czasie studiów paryskich napisał komentarze do Ewangelii Łukasza i Jana, „Sentencji” Piotra Lombarda oraz kazanie „Chrystus jeden nauczyciel wszystkich”.
Jako generał usiłował stawić czoła różnym nurtom w zakonie, które zadawały pytania o rolę i dziedzictwo Franciszka z Asyżu, jako założyciela zgromadzenia. W celu rozwiania wątpliwości, Bonawentura sporządził nową biografię Franciszka, przesuwając akcent (w stosunku do poprzednich biografii) ze skrajnego ubóstwa na cnotliwość życia. Ze względu na zdolności organizacyjne, Bonawentura jest nazywany „drugim założycielem zakonu”. W 1260 roku w Narbonie odbyło się zebranie kapituły generalnej, gdzie zobowiązano Bonawenturę do zredagowania konstytucji zakonnej. 23 maja 1273 roku Grzegorz X kreował Bonawenturę kardynałem biskupem i nadał mu diecezję suburbikarną Albano. Jednocześnie polecił mu przygotowania do II soboru lyońskiego, gdzie miało dojść do podpisania unii z Kościołem wschodnim. 28 czerwca 1274 roku doszło do porozumienia, a Bonawentura wygłosił kazanie na temat jedności Kościoła. Zmarł w Lyonie 15 lipca tego samego roku.
Nazywany był „doktorem serafickim” ().