Od samego początku seminarium realizowało własny program studiów oparty na "Ratio institutionis sacerdotalis pro Polonia" i "Ratio studiorum Ordinis Fratrum Minorum". Seminarium posiadało własną bazę lokalową i w całości było finansowane przez zakon. Posiadało też bibliotekę, będącą zarazem centralną biblioteką prowincji. Wyższe Seminarium Duchowne posiadało charakter uczelni prywatnej, lecz było związane z Uniwersytetem Papieskim Jana Pawła II w Krakowie umową o współpracę naukową, co pozwalało na nadawanie jego absolwentom państwowych stopni magisterskich.
Jako instytucja wewnątrzprowincjalna, seminarium było otwarte również dla studentów z zewnątrz. Studiowali w nim alumni innych zgromadzeń zakonnych jak i diecezjalni. Po 1996 studiowali w nim także alumni obrządku ukraińsko-bizantyjskiego. W okresie największego rozkwitu, w roku akademickim 1986/87, studium liczyło 120 alumnów.
Ostatnim rokiem akademickim seminarium był rok 2024/25.
Rektorzy o. dr Joachim Mazurek OFM o. dr Hieronim Dłubis OFM o. dr Gaudenty Kustosz OFM o. dr Marian Jankowski OFM o. dr Tacjan Wójciak OFM o. dr Lucjusz Wójtowicz OFM o. dr Witosław Sztyk OFM o. dr August Smyczek OFM