Kolej Cesarz odbywał podroż pociągiem, głównie na liniach Kolei im. Karola Ludwika, a także Galicyjskiej Kolei Transwersalnej. Z założenia podczas podróży monarcha miał przede wszystkim przyglądać się samej linii oraz przystankom i dworcom, bez wysiadania z pociągu. Wcześniej polecono odnowić dworce i budynki wzdłuż planowanej linii przejazdu. Na czas przybycia cesarza udekorowano zarówno otoczenia dworców jak i mosty na rzekach Wiśle, Dunajcu, Sanie. Pociąg cesarza przejeżdżał przez tymczasowo stworzone łuki (wzgl. bramy) triumfalne, które przygotowano także na ulicach Krakowa i Lwowa, gdzie Franciszek Józef I przebywał przez kilka dni.
Cesarz przemieszczał się pociągiem dworskim, składającym się z dwóch lokomotyw i ośmiu wagonów. Przed pociągiem dworskim o jedną stację wcześniej przejeżdżał pociąg rekonesansowy. Pociąg dworski został przekazany przez Kolej Północną cesarza Ferdynanda i wyposażony w sposób okazały. Na jego czele umieszczono wóz bezpieczeństwa, dalej wagon służbowy. W składzie pociągu były także wagony: jadalny i kuchenny. Pomieszczenia w pociągu dworskim była oświetlone gazem, a wszystkie przedziały były ogrzewane ciepłą wodą. Wagony pociągu łączyły mostki kryte i były skomunikowane telegrafem.