W wewnętrznej części zatoki znajduje się podwodny kanion o głębokości tysiąca metrów, który biegnie poprzez ujście zatoki aż do Rowu Mariańskiego.
Wody zatoki W wyniku tych warunków w częściach zatoki blisko brzegu występują trzy rodzaje głębokich wód oceanicznych: prądu Kuro-shio (na głębokości od 200 do 500 m), strefy subarktycznej (500–1500) i Oceanu Spokojnego (1500–2500). Głębokie wody oceanu są zasadniczo pozbawione światła słonecznego, co uniemożliwia fotosyntezę nawet fitoplanktonowi i pozostają całkowicie oddzielone od wód z płytszych obszarów.
W rezultacie wody te mają niską temperaturę, są bardzo czyste i bogate w składniki odżywcze. Oprócz zapewnienia pożywienia dla szerokiej gamy organizmów morskich, właściwości te pozwalają na wykorzystanie zasobów wód w produktach komercyjnych. Władze prefektury Shizuoka starają się wykorzystać wody Kuro-shio do produkcji m.in. żywności i farmaceutyków.