Projekt powołania parku narodowego w okolicy Brasławia został uwzględniony we wstępnych planach autorstwa Rady Ministrów BSRR z 1983 roku, jak również w późniejszych studiach z roku 1989 i 1990.
Ostatecznie po długotrwałym przygotowaniu opracowań naukowych w 1995 roku nastąpiło utworzenie parku narodowego, do czego doszło na mocy uchwały Rady Ministrów nr 440 z 10 sierpnia 1995 r., która weszła w życie 1 września tego samego roku. W treści uchwały wskazano, że za powołaniem Parku stała chęć „zachowania unikalnych ekosystemów oraz efektywnego i pełniejszego wykorzystania rekreacyjnych możliwości zasobów naturalnych rejonu brasławskiego”. Pierwotnie obszar parku obejmował 71,5 tys. ha, na które oprócz samych jezior (12,3 tys. ha) składały się przede wszystkim tereny leśnictwa Brasław (31 tys. ha) oraz działki należące do okolicznych gospodarstw rolnych (25,8 tys. ha). Wyznaczono wówczas także teren liczącej 77,6 tys. ha otuliny. Wobec trwającego procesu wykupu gruntów oraz włączania i wyłączania poszczególnych działek z granic parku powierzchnia chroniona ulegała zmianom w czasie (od 2019 roku wynosi 64 216,33 ha).