Dane dot. zabitych i zaginionych są niedokładne, a ich źródła nie są w pełni znane. Liczba 105 385, często wymieniana, nie jest oparta na mocnych podstawach. Okazało się ponadto, że większość ofiar spowodowały ogromne pożary, które nastąpiły po trzęsieniu. Oczywiście walące się domy były również czynnikiem znaczącym. Śmiertelność według przyczyn śmierci jest szacowana poprzez zniszczenia budynków i strat ludzkich w wyniku pożarów, tsunami, osunięć ziemi na zboczach górskich, spadających odłamków, czy gruzu. Tak opracowane dane podają liczbę 105 385 ludzi. Wśród nich 87% spowodowały pożary, a ponad 10% walące się domy.
thumb|240px|Zniszczenie terenu wokół świątyni Sensō-ji w dzielnicy Asakusa Silny tajfun na wybrzeżu półwyspu Noto w prefekturze Ishikawa przyniósł wiatr w kierunku Zatoki Tokijskiej mniej więcej w tym samym czasie, co trzęsienie ziemi. Wiatry te spowodowały, że pożary szybko się rozprzestrzeniły.
Wiele domów zostało zasypanych obsunięciami zboczy górskich w zachodniej części prefektury Kanagawa. thumb|240px|Pożary w dzielnicy Marunouchi Tsunami o wysokości do 10 m uderzyo w wybrzeża zatoki Sagami, w półwyspy Bōsō, Izu i wyspy Izu. Ponad 570 000 domów zostało zniszczonych, pozostawiając około 1,9 mln osób bezdomnych. Ewakuowanych transportowano statkami do Kobe w Kansai "All Ships Aiding Relief".