2006–2008: Honda Swoje pierwsze zwycięstwo w Formule 1 odniósł w deszczowych warunkach podczas Grand Prix Węgier w 2006 roku (był to jego 113. start w wyścigu F1). Pomimo dobrej końcówki sezonu udało mu się zająć jedynie szóste miejsce w klasyfikacji generalnej. W sezonach 2007 i 2008 nadal reprezentował barwy zespołu Honda. W klasyfikacji końcowej zajął odpowiednio 15. i 18. miejsce w końcowej klasyfikacji, z dorobkiem odpowiednio sześciu i trzech punktów.

2009: Brawn thumb|Jenson Button podczas Grand Prix Abu Zabi (2009) Na sezon 2009 ponownie został zakontraktowany, jako etatowy kierowca. Japoński team z powodu kłopotów finansowych musiał ze skutkiem natychmiastowym wycofać się z F1. Czarny scenariusz na jego szczęście się nie sprawdził i Brytyjczyk kontynuował współpracę w starym-nowym zespole Brawn GP, powstałym na bazie Hondy.

Podczas pierwszego wyścigu sezonu 2009, Button wygrał GP Australii. Drugi był jego kolega Rubens Barrichello. Wygrał również w kolejnym, deszczowym wyścigu w GP Malezji, jednak ze względu na to, że kierowcy nie przejechali 75% zaplanowanego dystansu, zdobył tylko połowę punktów (w tym wypadku pięć oczek).