Odkrycie Nowego Świata, powstanie nowych dróg handlowych i wynikające z tych zdarzeń zmiany w europejskiej gospodarce doprowadziły do gospodarczego i politycznego upadku miasta. W 1560 roku przerwano budowę katedry. W 1709 włoski perfumiarz Johann Maria Farina uruchomił pierwszą fabrykę wody kolońskiej. W XVIII wieku Wolne Miasto Kolonia graniczyło z Elektoratem Kolonii na zachodzie oraz przez rzekę Ren z Księstwem Bergu na wschodzie.
W granicach Francji mały|Kolonia u schyłku XVIII w. W 1795 Kolonię zajęli Francuzi. Granica Republiki Francuskiej była oparta na Renie, tym samym Kolonia była francuskim miastem przygranicznym. W 1798 Kolonia została okręgiem w departamencie Roer. Na mocy postanowień pokoju w Lunéville w 1801 uznano przyłączenie Kolonii do Francji. Wówczas wszyscy mieszkańcy otrzymali francuskie obywatelstwo. Rok później w mieście otwarto teatr lalek . W 1804 roku w Kolonii gościli Napoleon Bonaparte z żoną Józefiną. Od 1814 miasto okupowali Prusacy.