8 kwietnia 2014 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie wyrokiem uchylił decyzje Ministra Administracji i Cyfryzacji Michała Boniego z 2013 rokuWyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 8 kwietnia 2014 r. sygn. I SA/Wa 1517/13.. Następca Boniego na stanowisku ministra administracji i cyfryzacji, Rafał Trzaskowski zapowiedział możliwość zmiany decyzji ministerstwa na korzystną dla pastafarian. W październiku 2014 roku sekretarz stanu Stanisław Huskowski wydał w imieniu Ministra Administracji i Cyfryzacji decyzję o ponownej odmowie rejestracji Kościoła Latającego Potwora Spaghetti. thumb|Pastafarianie wśród uczestników II Marszu Równości w Częstochowie (2019) Od decyzji MAiC Kościół się odwołał i następna rozprawa w sprawie rejestracji odbyła się w dniu 28 kwietnia 2015, kiedy to Sąd Administracyjny w Warszawie orzekł na korzyść Kościoła, gdyż decyzje odmowne zostały dwukrotnie wydane przez tego samego urzędnika. Skarga na decyzję Ministra Administracji i Cyfryzacji, oprócz argumentów dotyczących prawa administracyjnego, zawierała również powołanie się na art. 9 EKPC, s. 4.. 18 maja 2016 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oddalił skargęRejestracja Kościoła Latającego Potwora Spaghetti.... KLPS zapowiedział złożenie skargi przed Naczelnym Sądem Administracyjnym.