Mimo to proces niszczenia trwał nadal, każdego roku ubywały kolejne detale, spadały na ziemię pinakle, kwiatony i metalowe figury aniołów stojące u podstawy wieży kaplicy, wykonane według projektu Andrzeja Pruszyńskiego.
Okres po 1989 Pierwszym konkretnym przedsięwzięciem renowacyjnym było dokonanie przez parafię w 1991 wymiany pokrycia dachu, co zabezpieczyło stropy przed zniszczeniem. Parafia ewangelicko-augsburska opracowała jednocześnie wstępne plany odbudowy obiektu. Brak środków finansowych uniemożliwił jednak ich realizację.
W 2000 działacze Towarzystwa Opieki nad Zabytkami oraz Towarzystwa Opieki nad Starym Cmentarzem przy ul. Ogrodowej w Łodzi nawiązali współpracę z parafią św. Mateusza, czego owocem było zawiązanie odrębnego stowarzyszenia w celu ochrony kaplicy. Fundacja na rzecz Ratowania Kaplicy Karola Scheiblera została oficjalnie zarejestrowana w 2003. Dysponując niewielkimi środkami finansowymi (duża część pieniędzy pochodzi z listopadowych kwest), już od początku starała się prężnie działać na rzecz renowacji kaplicy.