Taksonomia Rodzaj i gatunek po raz pierwszy zgodnie z zasadami nazewnictwa binominalnego opisał w 1836 roku angielski przyrodnik George Robert Waterhouse nadając im odpowiednio nazwy Myrmecobius i Myrmecobius fasciatus. Miejsce typowe to My Kokeby, na południe od Beverley, Australia Zachodnia, Australia. Holotyp to skóra podarowana autorowi opisu przez por. Dale’a. Podgatunek rufus po raz pierwszy zgodnie z zasadami nazewnictwa binominalnego opisał w 1923 roku australijski przyrodnik Frederic Wood Jones jako odrębny gatunek i nadając mu nazwę Myrmecobius rufus. Miejsce typowe to Australia Południowa, Australia. Okazy typowe to co najmniej dwa syntypy, których czaszki znajdują się w muzeum odontologicznym w Royal College of Surgeons w Londynie.
Systematyka Mrówkożer workowaty zalicza się do rzędu niełazokształtnych, który dzieli się na trzy rodziny, z których jedna (wilkoworowate) już wyginęła, podczas gdy pozostałe dwie (mrówkożerowate i niełazowate) w dalszym ciągu zamieszkują Australię i okoliczne wyspy. Mrówkożer stanowi jedyny rodzaj w rodzinie mrówkożerowatych zwanych też mrówkożerami. Rodzaj obejmuje pojedynczy gatunek – mrówkożer workowaty. Zapis kopalny rodziny ogranicza się w zasadzie do mrówkożera;