W lipcu i sierpniu 1941 roku nastąpiła trzecia likwidacja chorych pochodzenia polskiego. Ofiarą mordu padło 150 ówczesnych pacjentów i około 100 osób będących kiedyś pacjentami „Kochanówki”. Byli to przeważnie ludzie zdrowi, którzy od dawna pracowali, mieli rodziny i nie zdradzali żadnych objawów psychotycznych. Osobom tym polecono zgłosić się do szpitala, skąd zabrali ich esesmani do lasów zgierskich. Ogólna liczba zamordowanych podczas okupacji w ramach akcji T4 w „Kochanówce” wynosiła 692 osoby, ale można ją szacować na nieco wyższą, gdyż część pacjentów wywieziona była do innych szpitali i ślad po nich zaginął. Szpital poniósł także znaczne straty materialne. Całkowicie zniszczono bibliotekę naukową, archiwum akt, księgi chorych. Zdewastowane zostały poszczególne pawilony oraz pracownie. Okupacja spowodowała dezorganizację życia psychiatrycznego.