Struktura wnętrza kaplicy nawiązuje pod pewnymi względami do tradycji architektury romańskiej. Ujawnia się w sposobie artykulacji ścian przy zastosowaniu głębokich wnęk, a w szczególności przez wprowadzenie pasażu, który poprzebijał naroża. Takie rozczłonowanie ściany za pomocą wycinanych w ścianie muru nisz powiększa przestrzeń w świątyni, a zarazem ukazuje masywność i potencję konstrukcyjną murów wieży. Technika grubego muru była wówczas nie tylko wyznacznikiem bogactwa w odniesieniu do formy architektonicznej, ale zaświadczała również o prestiżu i bogactwie władcy.
Kaplica od samego początku jej budowy była pomyślana w taki sposób, by spełniać wszelkie wymogi reprezentacji i manifestować prestiż władzy biskupów warmińskich — panów stołecznego w diecezji zamku i rządców terytorium dominialnego. Głównym wyróżnikiem kaplicy jest jej układ emporowy, przejawiający się dwukondygnacyjnością formy, uzyskany poprzez spiętrzenie dwóch kaplic, usytuowanych w pionie jedna nad drugą (tzw. doppelkapelle). Kaplica św. Andrzeja w Braniewie odbiega jednak jej uproszczoną formą przestrzenną (brak podziałów wnętrza) oraz funkcjonalną (brak górnego ołtarza) od innych rozwiązań modelowych. Zasadniczą rolą górnego poziomu było tu umiejscowienie tronu głównego gospodarza zamku.