16 czerwca 2003 roku dyrygent został zatrzymany pod zarzutem poddawania osób małoletnich innym czynnościom seksualnym. 13 stycznia 2004 roku rozpoczął się proces w sprawie o molestowanie seksualne małoletnich chórzystów, którego dyrygent dopuszczał się w latach 1994–1998. W lutym 2004 roku w związku z podejrzeniem nowotworu u Wojciecha Kroloppa zdiagnozowany został zaawansowany zespół nabytego niedoboru odporności (AIDS) i proces zawieszono na czas szeregu operacji.
23 lipca 2004 roku sąd skazał Wojciecha Kroloppa na karę ośmiu lat pozbawienia wolności. W świetle materiału dowodowego zebranego przez prokuratora, w tym zeznań złożonych przez ponad 40 świadków, Wojciech Krolopp wykorzystywał seksualnie trzech małoletnich chłopców (wielokrotny seks oralny, analny oraz molestowanie), każdego co najmniej kilkanaście razy. Jak zauważył sąd w uzasadnieniu, działanie Wojciecha Kroloppa cechowały:
Sąd zwrócił też m.in. uwagę na dbałość Wojciecha Kroloppa o budowanie swojego nieskazitelnego wizerunku w środowisku artystycznym i politycznym Poznania (molestowania dopuszczał się głównie podczas wyjazdów).