W 1588 roku zakonnicy postanowili całkowicie wyburzyć wszystkie budynki (kościół, oratorium i hospicjum) i w obecności doży Pasquale Cicogni położyli kamień węgielny pod budowę nowego kompleksu, pobłogosławiony przez patriarchę Wenecji Giovanniego Trevisana. Patronat na budową objęła rodzina Querini. Kościół ten, zachowany do dziś, został poświęcony 8 sierpnia 1619 roku otrzymując wezwanie założyciela minimitów, św. Franciszka z Paoli.
Na mocy dekretu napoleońskiego Królestwa Włoch z 5 czerwca 1805 roku (oraz kolejnych dekretów) zainicjowano w Wenecji proces kasat i przekształceń kościołów i klasztorów oraz zmian granic parafii. W 1806 roku klasztor został zlikwidowany, a jego zabudowania przeznaczono na koszary. Wspólnota zakonna została przeniesiona do San Francesco w Weronie. W 1885 roku budynki poklasztorne rozebrano, aby zrobić miejsce pod budowę szkoły. Sam kościół pozostawał otwarty dla potrzeb kultu. Zarządzał nim wikariusz. Do 1952 roku miał status kościoła filialnego. Wówczas został wyłączony spod jurysdykcji San Piero di Castello i podniesiony do rangi kościoła parafialnego. Opiekę nad nim sprawują salezjanie.