Od 1991 kierownik zakładu naukowo-dydaktycznego, który w 1997 zyskał status katedry (obecnie Katedra Systemów Multimedialnych). Organizator i opiekun latach 1994–2007 studium doktorskiego na Wydziale Elektroniki, Telekomunikacji i Informatyki Politechniki Gdańskiej. Wypromował 13 doktorów, z których 11 uzyskało wyróżnienia za swoje rozprawy, opiekun ponad 250 prac magisterskich i inżynierskich.
W dorobku naukowym prof. Czyżewskiego jest ponad 600 publikacji, z których przeszło 150 stanowią artykuły w prestiżowych czasopismach naukowych i rozdziały w książkach zagranicznych. Autor i współautor 20 patentów krajowych i 5 opublikowanych międzynarodowych zgłoszeń patentowych oraz kilkunastu udokumentowanych wdrożeń, w tym wdrożeń o szczególnie dużym zasięgu oddziaływania. Pod kierownictwem prof. Andrzeja Czyżewskiego w Politechnice Gdańskiej powstały laboratoria wyposażone w nowoczesną aparaturę foniczno-wizyjną i pomiarową. Kierował do tej pory ponad 30 projektami badawczymi i celowymi, 7 projektami międzynarodowymi UE.