Po wczesnej śmierci ojca prawnym opiekunem Stefana został wuj – Aleksander Lgocki (1855–1914), który pełnił funkcję m.in. wicestarosty powiatu nowotarskiego. Młodość spędził w rodzinnym dworze w Łopusznej. W 1905 r. rozpoczął naukę w C.K. Gimnazjum św. Jacka w Krakowie, które ukończył w 1913 rSprawozdanie Dyrektora Państwowego Gimnazjum Św. Jacka w Krakowie za rok szkolny 1912/13. Po zdaniu egzaminu dojrzałości rozpoczął studia na wydziale prawa Uniwersytetu Jagiellońskiego, na którym studiował przez 3 semestry. W latach 1913–1914 był organizatorem szkolenia dla Drużyn Podhalańskich.
Po wybuchu I wojny światowej wstąpił do Legionów Polskich 4 listopada 1914 r. Służył w 12. kompanii III batalionu 3. pułku piechoty II Brygady LP. Od 1 października 1914 roku służył na froncie w oddziale sztabowym 3 pułku piechoty. Wraz z pułkiem przeszedł kampanię karpacką, bukowińska, besarabską i wołyńską. Kontuzjowany 5 lipca 1915 r. pod Rarańczą. 5 lub 6 lipca 1916 r. pod Wołczkiem dostał się do rosyjskiej niewoli, internowany został Szredzińsku w gub. permskiej. Zwolniony został 18 lipca 1918 r. Po odzyskaniu niepodległości wstąpił ochotniczo do Wojska Polskiego.